XBQ352-Biologia Estr e des de DrogasIntrodução ao uso de softwares para modelagem e dinâmica molecular. Funções Potenciais para interações atômicas e moleculares. Métodos para Otimização de Geometria: algoritmos Steepest Descent e dos Gradientes Conjugados. Modelagem Computacional e otimização de estruturas moleculares. Simulação por Dinâmica Molecular: algoritmos de Verlet e Leapfrog. Tratamento do solvente átomo a átomo: condições periódicas de contorno. Serão abordados os métodos usados para a análise da estrutura tridimensional de macromoléculas como ressonância magnética nuclear e cristalografia por raios-X. Recentes estudos como projetos genoma estrutural, caracterização molecular das doenças causadas pelo enovelamento incorreto de proteínas serão apresentados. A partir do conceito de que na estrutura tridimensional está encerrada a informação necessária para uma proteína exercer a sua função, serão também levantados os recentes avanços na intervenção terapêutica baseada no conhecimento da estrutura molecular e do mecanismo molecular das doenças. Modelagem e dinâmica  de interações moleculares. Desenho de droga: Desenho de drogas baseado em estruturas, análise e interpretação da estrutura de proteínas, banco de dados de estruturas de proteínas e de drogas potenciais, alvos moleculares para desenho de drogas, interação proteína-droga, exemplos de aplicação de desenho de drogas, drogas para controle da progressão do ciclo celular,  drogas anti-bacterianas, docking e desenho de ligantes, discussão de projetos de estudos pós-genômicos.